NRGene, ein allgemein anerkannter Führer in genomischer Analyse, ist der allererste, um das komplizierte Genom einer gewerblich angebauten Erdbeere zusammenzustellen.
Die meisten Pflanzen, Tier und menschlichen Genome sind diploid - zwei Sorten von jedem Gen enthaltend. Das Erdbeergenom enthält acht, fast identische, Kopien jedes Gens, die genaue Synchronisierung von jedem machen, was vorher nie getan wurde - bis NRGenes DeNovoMAGICTM 3.0.
Das oktoploide, mischerbige Erdbeergenom wurde gesammelt indem Illumina Sequez Technologie verwendet wurde und durch das cloud basierte DeNovoMAGICTM 3.0 Softwarepaket von NRGENE in nur zwei Wochen gesammelt wurde.
Ausführliche Ergebnisse sind verfügbar: nrgene.com/strawberry-results/
“Es ist aufregend zu sehen, wie die Analyse von NRGENE, die mit Daten von Illumina Sequenzen verbunden ist, so schnell und erschwinglich verwendet werden kann, um komplizierte Genome wie die der Erdbeere zu sammeln”, sagte Ryan Rapp, Stellvertretender Direktor, Agrigenomik für Illumina. “Wir hoffen, dass diese genomische Technologie zugänglich für landwirtschaftliche Forscher weltweit machen wird, um zu helfen, die Lebensmittelversorgung zu verbessern, um es nachhaltiger und effizienter zu machen.”
Der NRGenes DeNovoMAGICTM 3.0 liefert komplette, sehr genaue Genombauteile in der Form von langen, aufeinander abgestimmten Folgen, die Illumina Auslesung verwendend. NRGenes PanMAGICTM wird verwendet, um die ganzen Genomfolgen von vielfachen individuellen Proben zu vergleichen, um die breite genomische Ungleichheit zu gewinnen, und um besser positive Charakterzüge über alle Sorten genau festzustellen.
“Mit den Daten von NRGene werden Erdbeererzeuger im Stande sein, die Ausgabe von besseren funktionierenden Erdbeersorten zu beschleunigen und zähere, krankheits-widerstandsfähigere Sorten mit längerer Haltbarkeit zu schaffen”, sagt Sachiko Isobe, Leiter der Pflanzen-genomischen Genetiklaboratoriums an Japans Kazusa DNA-Forschungsinstitut.
“Der Erdbeerzusammenbau demonstriert, dass sogar die kompliziertesten Genome schnell und genau kartografisch dargestellt werden können”, sagt Gil Ronen, CEO von NRGene. “Der große Wert in unserer Technologie besteht darin, dass sie eingesetzt werden kann, um jedes Genom jeder Art zu analysieren und zu sammeln.”
Das Projekt wurde in der Zusammenarbeit mit Japans Kazusa DNA-Forschungsinstitut übernommen und teilweise von Japans Landwirtschaftsministerium für Forstwirtschaft und Fischerei unterstützt.
Für mehr Informationen:
NRGene
Tel +972.72.2203750
Fax +972.8.6489897